PROFIL BADAŃ WYKONYWANYCH PRZEZ LABORATORIUM MIKROBIOLOGII  UCML

• badania próbek materiałów klinicznych w kierunku bakterii tlenowych, beztlenowych i grzybów wykonywane są metodą klasyczną z zastosowaniem posiewu na odpowiednio zróżnicowane podłoża, hodowli w odpowiednich warunkach, oceny mikroskopowej oraz identyfikacji, m. in. metodą spektrometrii mas typu MALDI TOF; badania  lekowrażliwości wykonywane są zgodnie z zaleceniami Krajowego Ośrodka ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów;
• badanie swoistej odpowiedzi immunologicznej w procesie zakażeń lub/i wykrywanie antygenów bakterii i wirusów w materiale klinicznym metodą immunochromatograficzną;
• wykrywanie DNA lub/i RNA bakterii i wirusów metodami biologii molekularnej w materiale klinicznym;
• badania epidemiologii zakażeń szpitalnych;
• badanie czystości mikrobiologicznej powierzchni, powietrza, aparatury medycznej;
• kontrola mikrobiologiczna produktów/preparatów biologicznych po preparatyce.

DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA W OBRĘBIE UKŁADÓW

• diagnostyka zakażeń układu oddechowego

– badanie bakteriologiczne materiału z górnych i dolnych dróg oddechowych;
– szybkie testy do diagnostyki: grypy (FLUAV/(FLUBV), RSV, SARS-CoV-2;

– diagnostyka serologiczna zakażeń bakteryjnych

• • Borrelia burgdorferi (IgM, IgG),
  • Mycoplasma pneumoniae (IgM, IgG),
  • Chlamydophila pneumoniae (IgM, IgG),
  • Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),

– diagnostyka serologiczna zakażeń wirusowych

• • SARS-CoV-2 (IgA+IgM, IgG),
  • Adenowirus (IgM, IgG, IgA),
  • Yersinia enterocolitica (IgM, IgG, IgA),

 – diagnostyka molekularna w kierunku wirusa grypy typu A,B/RSV PCR, SARS-CoV-2 PCR, Enterowirusa PCR, Pneumocystis jirovecii PCR; panel oddechowy (diagnostyka górnych dróg oddechowych) QIAstat-DX Respiratory SARS-CoV-2 Panel (23 drobnoustroje – WIRUSY: SARS-CoV-2, Wirus grypy A, Wirus grypy A podtypy: H1N1/2009, H1, H3, Wirusa grypy B, Koronawirus 229E, HKU1, NL63 i OC43, Wirus paragrypy: typu 1,2, 3, 4 ,Adenowirusa,  Syncytialny wirus oddechowy RSV typu A/B, Ludzkiego metapneumowirusa typu A/B, Bokawirusa,  Rinowirusa/Enterowirusa; BAKTERIE: Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila); panel oddechowy (diagnostyka dolnych dróg oddechowych)  BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus(27 drobnoustrojów – WIRUSY: Koronawirusy 229E, NL63, OC43, HKU1 (bez różnicowania), Koronawirus MERS-CoV, Koronawirus MERS-CoV, Wirus grypy A, wirus grypy B,   Metapneumowirus, Rinowirus/enterowirus, Adenowirusy (HAdV), Wirusy paragrypy 1-4, Syncytialny wirus oddechowy (RSV): BAKTERIE: Acinetobacter baumanii/calcoaceticus (A. calcoaceticus, A. pittii, A.seifertii i A. nosocomialis), Enterobacter cloacae (Enterobacter asburiae, Enterobacter hormaechei (oraz podgatunki), Enterobacter kobei, Enterobacter ludwigii, Enterobacter mori i Enterobacter roggenkampii), Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Grupa Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae, K. quasipneumoniae i K. variicola), Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae

• diagnostyka zakażeń inwazyjnych i zakażeń układu nerwowego

– badanie bakteriologiczne krwi i płynu mózgowo-rdzeniowego (PMR);

• • diagnostyka zakażeń związanych z zastosowaniem cewników naczyniowych,
  • diagnostyka płynu z CADO,

–   diagnostyka serologiczna –  Borrelia burgdorferi (ELISA, Western Blot), Toxoplasma gondii (IgM, IgG, IgA, awidność IgG),

–   diagnostyka molekularna – Adenowirus PCR, wirus Epsteina-Barr (EBV), Cytomegalovirus (CMV), Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2), Varicella zoster virus (VZV), Human herpesvirus 6 (HHV-6), SARS-CoV-2 PCR, panel neurologiczny QIAstat-Dx Meningitis/Encephalitis (ME) Panel (15 drobnoustrojów –  BAKTERIE: Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis (otoczkowe), Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Streptococcus pyogenes; WIRUSY: Enterowirus, Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2),  Human herpesvirus 6 (HHV-6), Human parechowirus (HpeV), Varicella zoster virus (VZV) i DROŻDŻE: Cryptococcus (C. neoformans/C. gattii),

• diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego

– badanie bakteriologiczne (posiew) w kierunku Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Plesiomonas, Aeromonas, Clostridioides difficile;
– badanie bakteriologiczne w kierunku Helicobacter pylorii,

– diagnostyka serologiczna –  Yersinia enetrocolitica (IgM, IgG, IgA),
–  diagnostyka w kierunku Clostridioides difficile  z wykorzystaniem rekomendowanych metod, tj. testów immunoenzymatycznych,
– szybkie testy do diagnostyki Rotawirusów, Adenowirusów i Norowirusów,

– diagnostyka molekularna – Norowirus PCR, EHEC PCR, EPEC PCR; panel multipleks PCR, Salmonella/Shigella/Campylobacter/EIEC/EHEC, C. difficile, panel biegunkowy QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel 2 ( 22 drobnoustroje –  WIRUSY: Adenowirus F40/F41, Astrowirus, Norowirus (GI/GII)  Rotawirus A, Sapowirus (GI, GII, GIV, GV); BAKTERIE: Campylobacter (C. jejuni,/C. coli i C. upsaliensis), Clostridioides difficile (wytwarzające toksynę A/B), Enteroagregacyjne E. coli (EAEC), Shigella/enteroinwazyjne E. coli (EIEC), Enteropatogenne E. coli (EPEC), Enterotoksynogenne E. coli (ETEC), Plesiomonas shigelloides, Salmonella spp., E. coli wytwarzających toksynę Shiga-podobną (STEC: stx1/stx2)* (w tym identyfikacja konkretnej serogrupy E. coli O157 spośród szczepów STEC), Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica; PASOŻYTY: Cryptosporidium,  Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia),

• diagnostyka zakażeń układu moczowo-płciowego

– badanie bakteriologiczne moczu, materiału z dróg rodnych,
– ocena preparatu bezpośredniego  wymazu z pochwy (dzieci),

– diagnostyka molekularna – Neisseria gonorrhoeae i Chlamydophila trachomatis PCR, CMV PCR, Cytomegalovirus (CMV) PCR, Adenowirus DNA PCR, Poliomawirus BK PCR,

• badania mykologiczne

– badania mykologiczne obejmują posiew różnych materiałów klinicznych w kierunku grzybów drożdżoidalnych i pleśniowych na podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli grzybów, z uwzględnieniem preparatu bezpośredniego, izolacji i identyfikacji grzybów chorobotwórczych, oznaczenia wrażliwości na leki przeciwgrzybicze,

– diagnostyka serologiczna grzybic z materiałów klinicznych (wykrywanie mannanu i galaktomannanu Candida/Cryptococcus/Aspergillus spp.  w surowicy),

• badania beztlenowców

  – badanie szeroko spektralne w kierunku bakterii beztlenowych obejmuje posiew na odpowiednie podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli bakterii beztlenowych różnych materiałów klinicznych, ze szczególnym uwzględnieniem materiałów takich jak treść ropna, treść z przetoki, punktaty, wymazy z przetoki, rany  fragmenty tkanek i płynów z jam ciała,

 – diagnostyka w kierunku zgorzeli gazowej (Clostridium perfringens), promienic (Actinomyces spp),

• badania wirusologiczne

– diagnostyka serologiczna w kierunku Adenowirusa (IgM, IgG, IgA),

– diagnostyka molekularna obejmuje wykrywanie materiału genetycznego DNA lub RNA wirusów z zastosowaniem PCR lub RT-qPCR w różnych materiałach klinicznych:

• • ilościowe: CMV PCR, EBV PCR, BKV PCR, HBV PCR, HCV PCR
  •  jakościowe: Adenowirus PCR, HHV-6 PCR, VZV PCR, HSV-1,2 PCR, Parwowirus B19 PCR, Enterowirus PCR, Pneumocystis jirovecii PCR,
  •  PCR,  Metapneumowirus wykonywane techniką real-time PCR,
  • Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),

• badania epidemiologiczne

– badania przesiewowe w kierunku kolonizacji i nosicielstwa patogenami alarmowymi:  MRSA, VRE, CPE, ESBL (badanie bakteriologiczne, metoda immunochromatograficzny, PCR),
– badanie środowiska szpitalnego na obecność szczepów wielolekoopornych i patogenów alarmowych, kontrola czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni, produktów wytwarzanych w warunkach sterylnych oraz procesu sterylizacji,

BADANIA SPECJALISTYCZNE

• wykrywanie genów werotoksyny-1 i werotoksyny-2 (stx1, stx2) w próbkach kału,
• ocena mikrobiologiczna materiału z dróg rodnych dziewczynek (ocena mikroskopowa w preparacie bezpośrednim i posiew),
• badania w kierunku Helicobacter pylori w bioptatach żołądka,
• diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2 metodą real-time PCR w wymazach z gardła, nosa, nosogardła, płynu mózgowo-rdzeniowego,
• diagnostyka wirusologiczna zakażeń skóry: HSV-1,2 PCR, VZV PCR, Enterowirus PCR
• diagnostyka wirusologiczna materiału tkankowego: CMV PCR,

WYPOSAŻENIE DZIAŁU MIKROBIOLOGII

• spektrometr masowy do identyfikacji bakterii i grzybów: MALDI Biotyper® Sirius IVD System (Bruker),
• systemy do automatycznej diagnostyki molekularnej: BDMAX System (BD); GeneXpert System (Cepheid), automatyczny system do identyfikacji i określania lekowrażliwości drobnoustrojów (VITEK 2, bioMérieux), System Film Array bioMérieux), system BIOFIRE FILMARRAY® (BioMérieux), system QIAstat-DX (Qiagen), system iPonatic III (Sansure Biotech)
• automatyczny aparat do barwienia metodą Grama: PREVI® Color Gram (bioMérieux),
• automatyczne analizatory do posiewów krwi BACTEC FX (BD), system BD EpiCenter™,
• komora do hodowli bakterii beztlenowych, Whitley A25 (Don Whitley Scientific),
• automatyczne analizatory ELISA: Thunder Bolt (Eurofins) i EVOLIS (BIO-RAD),
• aparat do automatycznej izolacji DNA/RNA – eMAG (BioMerieux), TANBead Maelstrom 4800 Nucleic Acid Extraction System,
• COBAS AmpliPrep Instrument, oraz COBAS TaqMan 48 Analyzer
• termocyklery: CFX96 (BIO-RAD), aparat do posiewu płytek metodą spiralną WASP, aparat do oznaczania lekkowrażliwości ARIS, aparat do identyfikacji drobnoustrojów IR Biotyper
• sterylizatory parowe.