Obecna Katedra i Klinika Pediatrii, Hematologii i Onkologii WUM zlokalizowana w Warszawie przy ul. Żwirki i Wigury 63a powstała w 2002 roku z połączenia istniejących poprzednio dwóch naukowych ośrodków hematologii i onkologii dziecięcej należących do Akademii Medycznej w Warszawie (zlokalizowanych przy ul. Działdowskiej 1 i ul. Marszałkowskiej 24 w Warszawie). Stała się ona kontynuatorką dorobku i tradycji tych dwóch instytucji i ich wieloletnich kierowników, nestorów hematologii dziecięcej w Polsce: Pani prof. dr hab. med. Marii Ochockiej, Kierownika Kliniki Hematologii i Onkologii Dziecięcej przy ul. Działdowskiej oraz Pani prof. dr hab. n. med. Romy Rokickiej-Milewskiej, Kierownika Kliniki Pediatrii, Hematologii i Onkologii przy ul. Marszałkowskiej (popularnie określanego mianem „Szpitala przy Litewskiej”).
Od do 2002 r. kierownikiem Katedry i Kliniki Pediatrii, Hematologii i Onkologii WUM, początkowo zlokalizowanej przy ul. Marszałkowskiej 24 w Warszawie, a w roku 2015 przeniesionej do nowoczesnego budynku kompleksu Szpitala Pediatrycznego przy ul. Żwirki i Wigury 63a w Warszawie, jest prof. dr hab. med. Michał Matysiak. Katedra zapewnia bazę dydaktyczną dla krajowych i zagranicznych studentów kierunków lekarskich WUM.  W ramach działalności leczniczej skupionej obecnie w Dziecięcym Szpitalu Klinicznym Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego WUM, do Katedry należą cztery oddziały kliniczne: Pediatrii i Hematologii, Pediatrii i Onkologii, Przeszczepiania Krwiotwórczych Komórek Macierzystych oraz pododdział Opieki Dziennej.
W ramach kliniki dr n. med.  Marek Karwacki stworzył Centrum Koordynowanej Opieki Medycznej nad Pacjentami z Neurofibromatozami i Pochodnymi im RASopatiami.
Działa tu także referencyjna dla kraju Pracownia cytohematologii prowadzona przez dr n. biol. Alicję Siwicką.

Rozwój polskiej hematologii dziecięcej datuje się na lata 50. XX wieku. Wtedy za sprawą prof. Marii Ochockiej z ówczesnej Kliniki Terapii Chorób Dzieci Akademii Medycznej w Warszawie przy ul. Działdowskiej 1 oraz dr hab. med. Janiny Kozłowskiej z ówczesnej I Kliniki Pediatrii Akademii Medycznej w Warszawie przy ul. Marszałkowskiej 24.

Profesor Maria Ochocka to osoba, z której nazwiskiem wiąże się cała historia hematologii dziecięcej, a następnie także i onkologii hematologicznej w szpitalu Akademii Medycznej w Warszawie. Po ukończeniu licznych staży szkoleniowych, między innymi w Instytucie Hematologii pod kierunkiem prof. Włodzimierza Ławkowicza, prof. Maria Ochocka rozpoczęła w drugiej połowie lat 50. samodzielną ocenę preparatów szpiku i rozmazów krwi obwodowej, w tym także wśród pacjentów z zakażeniami gronkowcowymi, często o bardzo ciężkim przebiegu. Spostrzeżenia te znalazły odbicie w pierwszym w Polsce doktoracie o tematyce hematologicznej obronionym przez Panią Profesor w Klinice Terapii Chorób Dzieci AM, pt. „Obrazy krwi w zakażeniach gronkowcowych u dzieci” (1963 r.). Po uzyskaniu stopnia doktora nauk medycznych, gdy kierownictwo Kliniki po prof. Henryku Brokmanie przejęła prof. Maria Halina Zapaśnik-Kobierska, prof. Ochocka uzyskała stypendium naukowe w Klinice Pediatrii kierowanej przez wybitnego pediatrę-hematologa, prof. Bo Vahlquista w Uppsali (Szwecja). Miała tam możliwość prowadzenia badań nad kwasem foliowym, które pozwoliły na wyjaśnienie przyczyny zmian megaloidalnych i megaloblastycznych u dzieci z różnymi schorzeniami. Kolejne dwa pobyty w Szwecji otworzyły jej drogę do habilitacji, którą ukończyła obroną w 1970 roku. Praca ta otrzymała nagrodę pierwszego stopnia Ministra Zdrowia.

W latach 60. i 70. nastąpił rozkwit hematologii w Klinice przy ul. Działdowskiej: uruchomione zostało wewnątrzoddziałowe laboratorium specjalistyczne i konsultacyjne, zwiększyła się liczba lekarzy zainteresowanych badaniami w zakresie hematologii dziecięcej, publikowano coraz więcej prac poświęconych tej dziedzinie medycyny. W 1979 roku prof. Ochocka przejęła kierownictwo Katedry i Kliniki Hematologii i Pneumonologii oraz otrzymała stanowisko Dyrektora Instytutu Pediatrii AM w Warszawie (po prof. Zapaśnik-Kobierskiej, która przeszła na emeryturę).
Lata 80. były bardzo korzystne dla tej Kliniki: wyodrębniono osobny oddział dla dzieci z chorobami krwi, w tym białaczkami i chłoniakami, posiadający jedne z pierwszych w Polsce izolatek umożlwiających  oddzielenie chorych z zaburzeniami odporności (faza aplazji szpiku w trakcie intensywnej chemioterapii) od innych dzieci. Uzyskano także oddzielne pomieszczenie dla szpitala dziennego pobytu. Klinika zmieniła nazwę na Klinikę Hematologii i Chorób Rozrostowych Akademii Medycznej w Warszawie. Ważnym wkładem w dziedzinie hematologii dziecięcej było także stworzenie przez prof. Marię Ochocką Przyklinicznej Pracowni Cytomorfologicznej, która zaczęła wyznaczać nowe standardy diagnostyczne w tej dziedzinie. Wychowanka prof. Marii Ochockiej i kierownik tej Pracowni, dr n. biol. Alicja Siwicka kontynuuje dziś jej dzieło, a prowadzona przez nią pracownia (w nowym miejscu w Klinice Pediatrii Hematologii i Onkologii przy ul. Żwirki i Wigury 63a) jest pracownią referencyjną dla dziecięcej cytomorfologii hematologicznej w kraju. Ważnym dorobkiem Kliniki i prof. Marii Ochockiej było stworzenie przy Klinice zespołu psychologów, których praca miała ogromne znaczenie nie tylko dla samych pacjentów i ich rodzin, lecz także dla personelu Kliniki.

Znaczącym faktem w dziejach polskiej hematologii dziecięcej z tamtych lat było utworzenie w 1975 r. z inicjatywy prof. Jerzego Armaty (ośrodek krakowski) Polskiej Grupy Pediatrycznej ds. Leczenia Białaczek i Chłoniaków Złośliwych (PGPLBCH), która zaczęła koordynować metody leczenia i prace naukowe w powstających coraz liczniejszych w naszym kraju ośrodkach hematologii i onkologii dziecięcej. Prof. Maria Ochocka była współzałożycielem tej grupy i włączyła się bardzo aktywnie do jej działań oraz wydatnie przyczyniła się do rozwoju, koordynując poszczególne programy terapeutyczne i badawcze. Wspólne działania hematologów i onkologów dziecięcych w Polsce z wybitnym wkładem obu kierowników klinik, prof. Marii Ochockiej i prof. Romy Rokickiej-Milewskiej, doprowadziły do powstania w 1999 r. Polskiego Towarzystwa Hematologii i Onkologii Dziecięcej. Wspólnym osiągnięciem całego środowiska było także powołanie nowej odrębnej specjalizacji medycznej z onkologii i hematologii dziecięcej w 2000 r.
W 1982 roku ukazał się pierwszy polski podręcznik z dziedziny hematologii pediatrycznej pt. „Hematologia kliniczna wieku dziecięcego” pod redakcją i z bardzo dużym udziałem własnym prof. Ochockiej, wydany przez PZWL. W tym też okresie nawiązano kontakty zawodowe z niemieckimi hematologiami. Klinika prowadziła współpracę naukową z Kliniką Hematologii we Frankfurcie nad Menem kierowaną przez prof. B. Kornhubera, Kliniką Hematologii w Wiedniu kierowaną przez prof. H. Gadnera i Kliniką Onkologii w Tübingen pod kierownictwem prof. D. Niethammera. W klinikach tych polscy lekarze odbywali staże kliniczne i naukowe. Dzięki temu udało się także zmienić utarte przekonanie o nieuleczalności choroby nowotworowej u dzieci. Realizowano liczne programy naukowo-badawcze, opublikowano około 500 prac naukowych o tematyce hematologiczno-onkologicznej w czasopismach polskich i zagranicznych. Pracownicy Kliniki brali czynny udział w licznych naukowych zjazdach zagranicznych przedstawiając swoje prace, a także w licznych kursach i szkoleniach, w tym także w charakterze wykładowców. Otrzymali oni również wiele nagród na zjazdach krajowych i zagranicznych, a także nagrody JM Rektora AM/WUM oraz nagrody Ministra Zdrowia.

Po przejściu na emeryturę we wrześniu 1994 r. kierownictwo I Katedry Pediatrii przy ul. Działdowskiej przejęła prof. dr hab. n. med. Danuta Chmielewska-Szewczyk łącząc Klinikę Hematologii i Chorób Rozrostowych z Kliniką Pneumonologii i Chorób Alergicznych. W wyniku fuzji powstała Klinika Pneumonologii, Chorób Alergicznych i Hematologii. Na czele oddziału hematologii stanął ówczesny doc. Michał Matysiak, wychowanek prof. Marii Ochockiej, który kontynuował działalność i tradycję Kliniki Hematologii i Chorób Rozrostowych. Pod jego kierownictwem w latach 1994-2002 powstały prace doktorskie z dziedziny hematologii i onkologii dziecięcej (dr Elżbiety Stańczak i dr Anny Wójtowicz), a także prowadzone były liczne prace badawcze w ramach grantów naukowych. Unowocześniono oddział, wzbogacając go o najnowocześniejszy sprzęt niezbędny do prowadzenia nowoczesnej chemioterapii, a także zmieniono wystrój oddziału. Rozbudowano poradnię hematologiczno-onkologiczną i rozszerzono działalność szpitala dziennego, starając się jak najbardziej zwiększyć liczbę pacjentów leczonych ambulatoryjnie. Kontynuując działalność dydaktyczną i edukacyjną, Zespół Kliniki opracował i wydał dwa podręczniki z dziedziny hematologii, które ukazały się nakładem PZWL. Były to: „Niedokrwistości u dzieci” autorstwa Marii Ochockiej i Michała Matysiaka oraz „Hematologia w praktyce klinicznej” pod redakcją Michała Matysiaka. W tym też czasie kierowana przez dr n. biol. Alicję Siwicką pracownia cytohematologii stała się krajowym ośrodkiem referencyjnym w zakresie cytodiagnostyki hematologicznej u dzieci.

Z kolei początki hematologii dziecięcej w szpitalu przy ul. Marszałkowskiej 24 w Warszawie sięgają roku 1955, kiedy to dr hab. n. med. Janina Kozłowska w I Klinice Pediatrii warszawskiej AM kierowanej przez prof. Rajmunda Barańskiego zainicjowała diagnostykę i leczenie chorób krwi u dzieci. W Klinice wydzielono wtedy łóżka dla dzieci z chorobami krwi oraz utworzono Poradnię Hematologiczną, która do 1970 r. była prowadzona początkowo przez dr hab. n. med. J. Kozłowską, a następnie przez dr n. med. Romę Rokicką-Milewską (późniejszą profesor i Kierownika Kliniki).
W 1970 r. w Szpitalu przy ul. Marszałkowskiej 24 (zwanym potocznie Litewską), powstał już samodzielny Oddział Hematologiczny przy Klinice Obserwacyjno-Niemowlęcej, kierowany przez prof. Irenę Kanabus, a po jej o odejściu na emeryturę – przez dr hab. Romę Rokicką-Milewską. Dzięki jej staraniom, w 1989 r. Klinika ta została przekształcona w Klinikę Chorób Rozrostowych i Skaz Krwotocznych, a następnie, w 1991 r. w Klinikę Pediatrii, Hematologii i Onkologii. Profesor Roma Rokicka-Milewska kierowała tą Kliniką do przejścia na emeryturę w październiku 2002 r.

Od 1975 r. prof. Rokicka-Milewska była aktywnym członkiem i decydentem Polskiej Grupy Pediatrycznej Białaczek i Chłoniaków. Później współorganizowała także Polską Grupę Pediatryczną ds. Guzów Litych. Drugim wiodącym motywem działalności usługowej i naukowej Kliniki była diagnostyka i leczenie skaz krwotocznych. Przy Klinice powstała pierwsza w Polsce Poradnia dla Dzieci Chorych na Hemofilię, zorganizowana i prowadzona przez dr Barbarę Dyszy-Laube, a obecnie przez dr hab. n. med. Annę Klukowską. Doktor Barbara Dyszy-Laube zorganizowała też w szpitalu przy Litewskiej Punkt Krwiodawstwa, który przez wiele lat był prowadzony przez asystentów Kliniki. W latach 80. XX w. Klinika rozszerzyła swoją działalność dotyczącą diagnostyki i leczenia skaz krwotocznych, stając się ośrodkiem referencyjnym leczenia hemofilii u dzieci w Polsce. Pracownicy Kliniki ściśle współpracują z kolegami z kraju i wchodzą w skład grupy ekspertów ds. leczenia i kompleksowej opieki nad chorymi z wrodzonymi zaburzeniami krzepnięcia w Ministerstwie Zdrowia w tym także w tworzeniu Narodowego Programu Leczenia Chorych na Hemofilię i Pokrewne Skazy Krwotoczne, którego ostatnia edycja obejmuje na lata 2019-2023. Dzięki działalności organizacyjnej i merytorycznej Kliniki, nastąpiła widoczna poprawa stanu zdrowia i jakości życia dzieci chorych na hemofilię w Polsce.

W 1992 r. została opracowana przez pracowników Kliniki pod redakcją profesor Romy Rokickiej-Milewskiej i wydana przez PZWL pierwsza i jedyna jak dotąd w Polsce monografia dotycząca hemofilii u dzieci. Podczas prowadzenia Kliniki przez prof. Romę Rokicką-Milewską ukazały się liczne prace w czasopismach krajowych i zagranicznych z zakresu hemofilii i onkologii dziecięcej. Pracownicy Kliniki czynnie uczestniczyli w bardzo licznych zjazdach krajowych i zagranicznych. Prace pracowników Kliniki nagradzane były pięciokrotnie nagrodami Ministra Zdrowia, dziesięciokrotnie Rektora Akademii Medycznej. Kierownik Kliniki uzyskał nagrodę Prezydenta Warszawy i Polskiego Towarzystwa Higienicznego i trzy medale jubileuszowe. Profesor Roma Rokicka-Milewska jest laureatem wielu nagród indywidualnych, Honorowym Członkiem Polskiego Towarzystwa Hematologii i Transfuzjologii, a także Polskiego Towarzystwa Onkologii i Hematologii Dziecięcej. Pracownicy Kliniki kierowali pracą 4 wieloośrodkowych grantów KBN oraz byli współwykonawcami licznych grantów w zakresie hematologii i onkologii dziecięcej. W latach 1984-2002, w okresie kierowania Kliniką przez prof. Romę Rokicką-Milewską, dwie osoby uzyskały tytuł doktora habilitowanego, dziesięć doktora nauk medycznych, a wszyscy asystenci pracujący powyżej 3 lat uzyskali specjalizację z pediatrii.

Rok 2002 przyniósł ważne zmiany organizacyjne. W związku z przejściem na emeryturę prof. Romy Rokickiej-Milewskiej, po wygraniu konkursu w WUM kierownictwo tej kliniki objął prof. Michał Matysiak. W konsekwencji doszło do połączenia obu wcześniej istniejących Klinik i przeniesienia  pacjentów a także pracowni cytohematologii i części zespołu lekarskiego ze szpitala przy ul. Działdowskiej do Kliniki Pediatrii Hematologii i Onkologii przy ul. Marszałkowskiej. Tym samym Klinika ta stała się jedynym na Mazowszu ośrodkiem hematologii dziecięcej. Prof. Michał Matysiak jest kierownikiem Katedry i Kliniki Pediatrii, Hematologii i Onkologii WUM do dnia dzisiejszego. Pod jego kierunkiem Klinika kontynuuje liczne prace naukowo-badawcze w zakresie hematologii i onkologii dziecięcej, uczestnicząc w kilku międzynarodowych programach w tym zakresie, a także sama prowadzi własne badania dotyczące leczenia wspomagającego terapię przeciwnowotworową oraz badania w zakresie hematologii dziecięcej, finansowane przez KBN.
Dzięki prowadzonej od lat współpracy w ramach Polskiej Pediatrycznej Grupy ds. Leczenia Białaczek i Chłoniaków oraz Polskiej Pediatrycznej Grupy ds. Leczenia Guzów Litych, a także dzięki uczestniczeniu w międzynarodowych programach leczenia białaczek, chłoniaków dziecięcych i neuroblastoma nasi pacjenci leczeni są tak samo jak w najlepszych ośrodkach europejskich, co znajduje swe odbicie w osiąganych wynikach leczenia. Poza pracą naukową, Klinika bierze czynny udział w szkoleniu zarówno pediatrów, jak i lekarzy pragnących specjalizować się w dziedzinie onkologii i hematologii dziecięcej. Pracownicy Kliniki są opiekunami specjalizantów w tych dziedzinach, a także biorą czynny udział w rożnego rodzaju szkoleniach podyplomowych. W Klinice organizowane są rokrocznie 2 kursy CMKP z dziedziny onkologii i hematologii dziecięcej, które zostały uznane przez specjalistę ds. onkologii i hematologii dziecięcej za obowiązkowe dla każdego lekarza pragnącego specjalizować się w tej dziedzinie. Klinika jest także organizatorem kilku konferencji naukowych z zakresu hematologii i onkologii dziecięcej. Z inicjatywy i pod przewodnictwem prof. Michała Matysiaka powstała Polska Pediatryczna Grupa ds. Nienowotworowych Chorób Układu Krwiotwórczego, zrzeszająca ośrodki hematologii dziecięcej w kraju i dążąca do poprawy diagnostyki oraz leczenia chorób hematologicznych u dzieci, a także mająca wypracować standardy postępowania w tych jednostkach chorobowych.

W swej codziennej pracy klinicznej, a także pracy naukowej, Klinika korzysta także z pomocy i doświadczenia Zakładu Diagnostyki Laboratoryjnej i Immunologii Klinicznej Wieku Rozwojowego pod kierownictwem prof. Urszuli Demkow, a współpraca ta zaowocowała nie tylko rutynowymi badaniami immunologicznymi, lecz także wieloma ciekawymi programami badawczymi oraz licznymi pracami prezentowanymi na krajowych i międzynarodowych zjazdach.

Zarówno poprzedni Kierownik Kliniki prof. Roma Rokicka-Milewska, jak i obecny Kierownik, prof. Michał Matysiak, czynnie pracowali w Zarządzie Polskiego Towarzystwa Onkologii i Hematologii Dziecięcej. Byli także członkami Zarządu Krajowego (prof. Roma Rokicka-Milewska) i wojewódzkiego (prof. Michał Matysiak) Polskiego Towarzystwa Hematologów i Transfuzjologów.

Obecnie poza leczeniem dzieci z chorobami nowotworowymi Klinika stanowi ośrodek referencyjny w Polsce w zakresie diagnostyki i leczenia skaz krwotocznych u dzieci, niedokrwistości aplastycznej oraz wrodzonych niedokrwistości hemolitycznych i zespołu hemofagocytarnego, a także  neurofibromatozami i pochodnymi im RASopatiami.
Diagnostykę i leczenie skaz krwotocznych u dzieci prowadzi zespół pod kierunkiem dr hab. Anny Klukowskiej oraz dr hab. n. med. Pawła Łaguny.
Anemiami aplastycznymi zajmuje się poza prof. Michałem Matysiakiem także dr n. med. Katarzyna Pawelec.
Zespołowi zajmującemu się diagnostyką i leczeniem wrodzonych niedokrwistości hemolitycznych przewodzi dr hab. n. med. Anna Adamowicz-Salach , dr n med. Edyta Niewiadomska i dr n med. Katarzyna Albrecht.
Dr hab. n. med. Iwona Malinowska kieruje zespołem przeszczepiania krwiotwórczych komórek macierzystych i leczeniem dzieci z zespołem hemofagocytarnym
Dr n. med. Marek Karwacki stworzył Centrum Koordynowanej Opieki Medycznej nad Pacjentami z Neurofibromatozami i Pochodnymi im RASopatiami.

Od 2003 r. w wyniku przeprowadzonych egzaminów państwowych 17 pracowników Kliniki uzyskało tytuł specjalisty z dziedziny onkologii i hematologii dziecięcej, 2 osoby w zakresie transplantologii klinicznej, a 1 w zakresie transfuzjologii klinicznej. Obecnie 4 następnych lekarzy Kliniki odbywa specjalizację z onkologii i hematologii dziecięcej, a 1 w zakresie transplantologii klinicznej . Obecnie Spośród osób które uzyskały w Klinice stopnie naukowe  pracuje obecnie 1 profesor, 4 dr hab. n med. i 8 dr n.med .
Dr hab. n med. Paweł Łaguna był w latach 2015-2016 Konsultantem Krajowym w dziedzinie transfuzjologii klinicznej
Kierownik Kliniki, prof. Michał Matysiak  jest drugą kadencję Konsultantem Wojewódzkim w dziedzinie onkologii i hematologii dziecięcej.
Najnowsze osiągnięcie Kliniki stanowi stworzenie od podstaw i otwarcie w 2018 roku  Oddziału Przeszczepiania Krwiotwórczych Komórek Macierzystych, którym kieruje  dr hab. n med. Iwona Malinowska.